เครือข่ายประสาทที่ “เข้ารหัส”

นักวิจัยสามารถแก้ปัญหานี้ได้ด้วยการสร้างแบบจำลองที่เรียกใช้กราฟโมเลกุลโดยตรงแทน ซึ่งสามารถปรับเปลี่ยนได้อย่างมีประสิทธิภาพและถูกต้อง การเปิดใช้งานโมเดลที่กำหนดเองซึ่งเป็นเครือข่ายประสาทที่ “เข้ารหัส” โมเลกุลอินพุตเป็นเวกเตอร์ซึ่งโดยทั่วไปจะเป็นพื้นที่จัดเก็บข้อมูลโครงสร้างของโมเลกุลและ “ถอดรหัส” ว่าเวกเตอร์เป็นกราฟที่ตรงกับอินพุทอณู

ในช่วงการเข้ารหัสรูปแบบแบ่งแต่ละกราฟโมเลกุลเป็นกลุ่มย่อยหรือ “subgraphs” ซึ่งแต่ละอันจะแสดงถึงกลุ่มอาคารที่เฉพาะเจาะจง กลุ่มดังกล่าวถูกสร้างขึ้นโดยอัตโนมัติโดยใช้แนวคิดเกี่ยวกับการเรียนรู้เครื่องจักรโดยทั่วไปซึ่งเรียกว่าการสลายตัวของต้นไม้โดยที่กราฟที่ซับซ้อนจะถูกแม็ปในโครงสร้างของกลุ่มซึ่งจะทำให้เป็นโครงต้นแบบของกราฟต้นฉบับ Jin กล่าว